医科学専攻のスタッフは以下の医学博士課程6専攻のスタッフが兼任しており、修士課程、さらに博士課程まで通しての良きアドバイザーとなります。なお、専攻には疾患生命工学センターをはじめ、いくつかの協力講座も参画して学生の指導を行っています。
 細胞生物学（旧解剖学）と生化学・分子生物学（旧生化学、栄養学） の講座に分かれ、また、それぞれが7つの研究分野に分かれています。 |
 生理学講座の3研究分野（統合生理学、細胞分子生理学、神経生理学）、薬理学講座の2研究分野（細胞分子薬理学、分子神経生物学）、および疾患生命工学センターの1部門（構造生理学）から構成されています。 |
 人体病理学、分子病理学、微生物学、感染制御学、免疫学の 5つの講座が本郷キャンパスにあり、このほか、疾患生命工学センターや医科学研究所などに いくつかの協力講座があります。 |
 放射線医学講座、医用生体工学講座、疾患生命工学センターの医療材料・機器工学部門と放射線分子医学部門から成り立っており、臨床医学、基礎医学はもちろん、機械工学、電子工学、物理学など様々なバックグランドを持った スタッフで構成されています。 |
 基礎神経医学講座（神経病理学、神経生物学、神経生化学、脳神経発生・分化、神経ネットワーク）、認知・言語医学（認知・言語行動科学、言語神経科学、音声・言語医学、感覚・運動神経医学）、臨床神経精神医学（精神医学、神経内科学、脳神経外科学）の3つの講座および12の分野からできています。 |
 衛生学、公衆衛生学、法医学、医療情報経済学、ならびに協力講座である健康環境医工学部門の5分野で構成されています。 |
 医学・生命科学研究を推進している医学系研究科とナノテクノロジーや情報工学（IT）を展開している工学系研究科がそれぞれの英知を結集することにより新たな統合的医学研究の創造と展開を図ること目的に創設されました。 |
