この紋章は、昭和31年(1956)東京大学医学部創立百年の祝意を表すため、緒方富雄教授(医学部)が、東京大学の赤門をデザインしたものです。

東京大学の赤門は、明治9年(1876)当時東京医学校(現東京大学医学部)が下谷和泉橋通りから本郷の現在の場所に移り新しい大学と病院の運営が始まり、明治17年(1884)他の学部が本郷に移るまで医学部の門として使われていました。

赤門は、文政10年(1827)江戸時代の有力大名の加賀藩主前田家が、前田斉泰に嫁いだ11代将軍徳川家斉の娘溶姫のために建てられた朱塗りの御守殿門です。
当時、大名の子息が将軍の姫君と結婚するとき、花嫁のために赤い漆を塗った門を建てる習わしとなっていました。

また、この門は武家屋敷の門の中でその希な様式と美しい表現が認められ、現在国の重要文化財に指定されています。